چکیده

ژن‌های خانه‌دار در تمامی شرایط زیستی و مراحل رشد بافت حاضر بوده و همیشه بیان می‌شوند. ژن خانه­دار، ژن بنیادی است که برای نگهداری از عملکرد اولیه سلول موردنیاز بوده و در بیشتر سلول­های یک ارگانیسم بیان‌شده و پروتئین‌های متناظر را می­سازد. در حالت عادی، برخی از ژن‌ها در شرایط و گام‌های متفاوت از چرخه سلولی بیان نمی­شوند که می­تواند دینامیک حضور یک پروتئین و به‌تبع آن برهمکنش­های گذرا یا پایدار را مشخص کند. برهمکنش­های پایدار در تعیین کمپلکس­های پروتئینی نقش مهمی دارند. یکی از چالش‌های موجود در زیست‌شناسی سیستمی، تعیین حد آستانه‌های مناسب برای تعیین پروتئین‌های فعال در هر زمان و مشخص کردن برهم‌کنش‌های پایدار هست. هدف ما در این مقاله، تعیین حد آستانه منحصر به هر ژن برای مشخص کردن ژن‌های خانه‌دار و برهم‌کنش‌های پایدار هست. با استفاده از الگوریتم بهینه‌سازی فرا ابتکاری کرم شب‌تاب و تابع جذابیت مبتنی بر ترکیب مجموعه کمپلکس‌های استاندارد و بیان هم‌زمان ژن‌ها، حد آستانه مخصوص هر ژن تعیین      می­شود. نتایج تجربی روی‌داده‌های موجود نشان می‌دهد که حد آستانه‌های ایجادشده با روش ابداعی نتایج بهتری نسبت به روش‌های قبلی داشته است.

کلیدواژه: 

برهم‌کنش پروتئین-پروتئین، برهم‌کنش پایدار، الگوریتم کرم شب‌تاب، ژن‌های خانه‌دار، آستانه گذاری

نویسندگان :

مسلم محمدی جنقرا^*1، کوثر عباس خواه¹

¹دانشگاه پیام نور، تهران

دانلود فایل مقاله